دانشگاه خاتم در آغاز کار با عنوان موسسه آموزش عالی غیردولتی خاتم فعالیت خود را با پذیرش در مقطع كارشناسی ارشد رشته زیست‌شناسی، گرایش علوم سلولی و مولکولی، آغاز کرد و به مرور زمان با افزوده شدن گرایش‌های دیگر به رشته‌های متنوعی از علوم و رشته‌های تحصیل ادامه داد. طی سال‌های بعد و با تغییرات اساسی در ساختار مدیریتی، فصل جدیدی از رشد و توسعه با گسترش دامنهٔ فعالیت‌ها رقم خورد؛ از افزایش رشته‌های تحصیلی گرفته تا توسعهٔ برنامه‌های آموزشی، جذب هیأت علمی توانمند به صورت تمام‌وقت، به‌سازی زیرساخت‌ها و امکانات فیزیکی. هم‌سو با این تحولات و بر پایه اجرای طرح سطح‌بندی موسسات غیر دولتی آموزش عالی در سال ۱۳۹۴ از سوی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، خاتم به جایگاه‌های برتر در میان ۲۶۹ موسسهٔ غیرانتفاعی کشور دست یافت و در نهایت مجوز قطعی عنوان دانشگاه را از همان وزارت دریافت کرد. با دریافت این مجوز، دانشکده‌های تخصصی فنی و مهندسی، مدیریت، اقتصاد و علوم مالی، دانشکدهٔ علوم انسانی و دانشکدهٔ معماری در خاتم تأسیس شدند و با اخذ مجوز پذیرش دانشجو در مقطع تحصیلات تکمیلی در رشتهٔ فلسفه، نخستین دانشجویان دورهٔ دکتری تخصصی این دانشگاه نیز آغاز به‌کار کردند. هم‌اکنون دانشگاه خاتم در ۵۸ رشتهٔ علمی در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری تخصصی از طریق کنکور سراسری پذیرش دارد و با تکیه بر توان علمی و تخصصی اعضای هیأت علمی تمام‌وقت و اساتید مدعو پاره‌وقت، به ارائهٔ آخرین دستاوردهای علمی به جویندگان خرد اندیشه، علم و پژوهش مبادرت می‌ورزد.